Fakultas Sains dan Teknologi UIN Walisongo Semarang secara resmi berdiri bersamaan dengan perubahan kelembagaan dari Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Walisongo menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Walisongo. Secara historis dan yuridis, pendirian fakultas ini merujuk pada Peraturan Menteri Agama RepubIik Indonesia Nomer 54 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN Walisongo Semarang, serta Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 57 Tahun 2015 tentang Statuta UIN Walisongo Semarang. Kedua regulasi tersebut menjadi dasar hukum lahirnya Fakultas Sains dan Teknologi. Peresmian fakultas ini dilakukan secara simbolis oleh Menteri Agama Republik Indonesia, Lukman Hakim Saifuddin, pada tanggal 4 November 2015, bertepatan dengan peresmian UIN Walisongo Semarang.

Program Studi Teknologi Informasi Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Walisongo Semarang didirikan pada tahun 2018 berdasarkan surat keputusan Nomor 293/KPT/I/2018   Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia, tentang penyelenggaraan Program Studi Teknologi Informasi jenjang program Sarjana (S1).